UGENE Portable - это свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение. В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему.
Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2.
Возможности
- Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей.
- Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL
- Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee - Онлайн и локальный BLAST поиск
- Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE
- Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров
- Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных
- Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей
- Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON
- Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie, BWA или модуля сборки контигов UGENE
- Поиск открытых рамок считывания
- Клонирование in silico
- Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта
- Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED
- Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3
- Построение (используя интегрированный пакет PHYLIP) и отображение филогенетических деревьев
- Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана
- Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем
- Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов
- Визуализация данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью обозревателя сборок.